關于補貼收入，無論是會計制度還是稅法都規定主要是用來核算企業因享受優惠政策等原因而退、免的增值稅、消費稅、營業稅等流轉稅以及財政補貼收入的，而享受所得稅優惠的不通過“補貼收入”來核算，原因主要是除另有規定外，補貼收入是要并入企業應稅所得繳納企業所得稅的，而享受企業所得稅優惠的沒有理由再并入。在《企業會計制度》中規定：補貼收入科目核算企業按規定實際收到的補貼收入(包括退還的增值稅)，或按銷量或者工作量等和國家規定的補助定額計算并按期給予的定額補貼。企業收到先征后返還的消費稅、營業稅等，應于實際收到時借記“銀行存款”等科目，貸記“主營業務稅金及附加”、“其他業務支出”等科目;企業收到的先征后返還的增值稅，應于實際收到時借記“銀行存款”科目，貸記“補貼收入”科目;在《企業所得稅年度納稅申報表》填報說明中明確：第12行“補貼收入”填報企業收到的各項財政補貼收入，包括減免、返還的流轉稅等。免稅的補貼收入也在此行填列。

　　另外，關于退、免的流轉稅，按照《財政部　國家稅務總局關于企業補貼收入征稅等問題的通知》(財稅[1995]81號)文第一規定：企業取得國家財政性補貼和其他補貼收入，除國務院、財政部和國家稅務總局規定不計入損益者外，應一律并入實際收到該補貼收入年度的應納稅所得額。例外規定主要是《國家稅務總局關于企業出口退稅款稅收處理問題的批復》(國稅函發[1997]210號規定：一、企業出口貨物所獲得的增值稅退稅款，應沖抵相應的“進項稅額”或已交增值稅稅金，不并入利潤征收企業所得稅?！《?、生產企業委托外貿企業代理出口產品，凡按照財政部《關于消費稅會計處理的規定》((93)財會字第83號)，在計算消費稅時做“應收賬款”處理的，其所獲得的消費稅退稅款，應沖抵“應收賬款”，不并入利潤征收企業所得稅。三、外貿企業自營出口所獲得的消費稅退稅款，應沖抵“商品銷售成本”，不直接并入利潤征收企業所得稅。